Бактерії захищають шкіру перед зовнішнім світом, і якщо захист слабшає, шкіра може ставати, наприклад, більш сухою і чутливою.

Головними ворогами мікробіома шкіри прийнято вважати агресивні чинники довкілля, шкідливі звички, незбалансоване харчування, стреси та неправильний догляд – надмірне очищення епідермісу, використання агресивних ПАР, кислот.

Загрози мікробіому Стерильна чистота шкіри, а точніше – бажання перебувати в надмірній чистоті. Такі антисептики, як хлоргексидин або триклозан, є смертельними і для «корисних», і для «шкідливих» мікроорганізмів. Кошти, що містять ретиноїди, кислоти. При щоденному постійному використанні вони теж гублять мікроорганізми.