Проте Темнопільна мікроскопія дозволяє побачити лише контури об'єкта, але не дає можливості вивчити внутрішню структуру. За допомогою темнопольної мікроскопії вивчають препарати типу розчавлена ​​«крапля».

Темнопільна мікроскопія може застосовуватися вивчення живих незабарвлених біологічних об'єктів — найпростіших, ізольованих клітин, тканинних культур, на дослідження субклітинних структур живих незабарвлених клітин.

Метод темного поля у світлі, що проходить, використовується для дослідження прозорих неабсорбуючих об'єктів, які неможливо побачити за допомогою світлопольної мікроскопії. Найчастіше це біологічні об'єкти.

Мікроскоп використовує метод темного поля. Принцип роботи мікроскопа наступний: потік світла, що висвітлює, не потрапляє в об'єктив, а проходить через конденсор темного поля і формує зображення тільки світлом.