Відмінність між найпростішими та бактеріями полягає у наявності ядра. Бактерії це одноклітинні освіти, які ядра немає. Без'ядерні організми називаються прокаріотами. Найпростіші а перші сформували в клітці найпростіше ядро.

Подібність – Складаються лише з однієї клітини. Відмінність – найпростіші мають ядро, а бактерії – Ні.

На відміну від інших мікробів, бактерії виділяють на категорії за критеріями, що належать тільки до них: Виживання у середовищі без кисню; Форма бактерій: палички (bacillus), кола (cocci) чи спіралі (spirillum);