Часто буває біль, припухлість і навіть невеликий синець у місці введення голки в шию. Біль та набряк мають зникнути через 48 годин.

Можливими ускладненнями під час проведення пункції вузла щитовидної залози є пункція трахеї, сильна кровотеча, пошкодження гортанного нерва, ларингоспазм, флебіт вен та ін.

Люди, яких чекає тонкоголкова біопсія правої, лівої частки чи перешийка щитовидки, свідомо відмовляються від їди в день пункції. При більшості хірургічних втручань пацієнти чують необхідність голодування, але при ТАБ від їжі відмовлятися не потрібно.