Яйця відкладають у грудні-січні, причому в кладці одне яйце. Самка відкладає яйце собі на лапи і прикриває складкою на череві. Потім насиджування включається і самець. Тривалість насиджування 54 дні.

Птахи ніжно торкаються один одного дзьобами і кладуть свої голови на плечі партнеру і виглядають, ніби пінгвіни обіймаються. Коли танець закінчується, самка лягає на землю, приймаючи позу, що запрошує. Самець підіймається їй на спину та птахи спарюються.

Маса яйця імператорського пінгвіна 450 р. За кілька годин турботи про яйця бере він самець. Самка ж, зголоднівши 45-50 днів, вирушає на годівлю в море, а майбутній батько насиджує яйце від 60, а іноді і до 100 днів! У цей період самці втрачають до 40% маси тіла.

У той час як імператорські та королівські пінгвіни висиджують їхнє єдине яйце на своїх лапах, самки всіх інших видів пінгвінів у строк від трьох до п'яти днів відкладають два яйця у звичайне гніздо, яке вони будують із матеріалів, що широко поширені в природі, — трави або дрібної гальки.