Плоди (шишкоягоди) ялівцю козацького – поникаючі, горбисті, чорно-сині із зеленою м'якоттю, дрібні (5-7 мм), округло-овальні, здебільшого з 2 насінням, значно довші за листя (у ялівцю звичайного плоди в 2-3 рази коротше хвої), з різким неприємним запахом.

Ялівець козацький легко впізнається за запахом. Серед усіх видів ялівцю саме у ялівцю козацького найрізкіший аромат. Він проявляється при розтиранні і хвої, і пагонів. Частково причиною такого видатного аромату є та ж ефірна олія, яка визначає і статус рослини, як вкрай отруйної.

Сильно отруйними є ялівці козацький та середній. Втім, навіть у звичайного "лісового" ялівцю деревина отруйна, так що за бажання отруїтися можна будь-яким ялівцем.

Токсичні речовини ялівцю З цієї причини ялівець небажано висаджувати там, де є діти чи домашні вихованці, оскільки і ті, й інші здатні спробувати невідому їм рослину на смак. А ягоди одного з видів цього вічнозеленого чагарника – ялівцю козацького – І зовсім містять отруту.