Від бабаків ховрахи відрізняються тим, що живуть завжди в степах, як у південних, так і північних трав'янистих, тим часом як бабаки мешкають у місцях гористих, кам'янистих, порослих травою і мають, по крайнього заходу у глибині, грунт кам'янистий. Також ховрахи ніколи не збираються, подібно до бабаків, товариствами поблизу своїх нір.

Сусліки рідко відходять від своїх нір, щоб відреагувати на потенційну небезпеку Часто кілька особин виглядають хижака, поки їхня родина їсть. У посушливі, і навіть голодні періоди ці звірята впадають у додаткову сплячку.

«Ви знали, що сплять ховрахи у певній позі: вмостившись на задні лапки, підігнувши голову до черевця і прикрившись хвостиком. За час сплячки гризуни втрачають до 1/3 своєї ваги.

Серед ссавців основними природними ворогами малого ховраха є лисиця, корсак, степовий тхір, перев'язка. З пернатих хижаків – степовий орел, курганник та орел-могильник, у харчуванні яких ховрахи грають першорядну роль.