Датою заснування міста вважається 1552 рік (у деяких джерелах 4 серпня), і пов'язана вона з першою літописною згадкою. Літопис, говорячи про прийняття Іваном IV рішення йти на Казань, згадує Алатир. Спочатку «фортеця» і «місто» були поняття рівнозначні.

1552 року Алатир заснований 1552 року Іоанном Грозним. Місто розташоване в лісостеповій зоні на південному заході Чуваської Республіки, на правому березі річки Алатир при впадінні її в річку Суру на високій місцевості. Залізнична лінія Казань – Канаш – Пенза пов'язує його з іншими містами республіки та країни.

В. Мартинова, алатир походить від іран. * al-atar, літер. «біл-горючий», тобто епітет каменю є у такий спосіб прямою слов'янською калькою його назви.