Спосіб застосування та дози Лонгідаза® застосовується підшкірно (поблизу місця ураження або під рубцовозмінені тканини) або внутрішньом'язово в дозі 3000 ME курсом від 5 до 25 ін'єкцій (залежно від захворювання) з інтервалом між введеннями від 3 до 10 днів.

Вміст ампули або флакона препарату Лонгідаза розчиняють у 1-2 мл розчину прокаїну (0.25% або 0.5%). У разі непереносимості прокаїну препарат розчиняють у тому ж обсязі 0.9% розчину хлориду натрію для ін'єкцій або води для ін'єкцій.

Для лікування простатиту використовують Лонгідазу у дозі 3000 МО 1 раз на 5 днів. Курс лікування становить 10–15 ін'єкцій. Свічки вводять 1 раз на день протягом 10 днів.

Лонгідаза® виявляє протифіброзні властивості, послаблює перебіг гострої фази запалення, регулює (підвищує або знижує, залежно від вихідного рівня) синтез медіаторів запалення (інтерлейкіну-1 та ФНПα), підвищує гуморальну імунну відповідь та резистентність організму до інфекції.