Генетичний апарат всіх еукаріотів знаходиться в ядрі і захищений ядерною оболонкою. ДНК еукаріотів лінійна (у прокаріотів ДНК кільцева і знаходиться в особливій області клітини – нуклеоїді, який не відділений мембраною від решти цитоплазми). Вона пов'язана з білками-гістонами та іншими білками хромосом, яких немає у бактерій.

Основна відмінність прокаріот і еукаріот полягає в тому, що в клітинах прокаріот генетичний матеріал розташовується безпосередньо в цитоплазмі і представлений нуклеоїдом, що містить найчастіше замкнуту в кільце молекулу ДНК. У еукаріот генетичний матеріал відокремлений ядерною оболонкою і, відповідно, укладено у ядрі.

Еукаріотичні клітини характерні тим, що вони мають різні мембранні органели. До таких органел відноситься ядро, мітохондрії, вакуолі, лізосоми, пластиди та інші. До еукаріотів відноситься п'ять царств живої природи: тварини, рослини, протисти, хромісти та гриби. Їхні клітини відносяться до еукаріотичних.

Прокаріоти, на відміну від еукаріотівне мають ніяких мембранних органел у структурі своїх клітин. Різноманітність цих структур досить невелика порівняно з органелами еукаріот. До того ж, багато немембранних органел зустрічаються в еукаріот, такі як рибосоми. Крім рибосом, еукаріот є пластиди та лізосоми.