Вплив магнітно-резонансного томографа можна порівняти з впливом випромінювання стільникового телефону або мікрохвильової печі. МРТ не викликає порушень у структурі, стані та роботі тканин та органів, будучи при цьому високоточним методом діагностики Тому можна бути впевненими: при МРТ опромінення не відбувається.

Протипоказань до проведення МРТ відносно небагато: Наявність в організмі електронних медичних приладів (кардіостимулятор та ін.). Наявність металевих елементів у досліджуваній області (протези, кліпси, уламки). Неадекватна поведінка пацієнта (панічна атака, психомоторне збудження).

Частота та періодичність проведення МРТ головного мозку залежить від поставленого діагнозу. Стандартне обстеження рекомендовано проводити раз на два роки, після 65 років діагностику слід виконувати щорічно.

Існують і банальніші причини виникнення страху перед таким дослідженням. У кожного, хто страждає на клаустрофобію (страх замкненого простору), виникає панічний страх і страх мрт, оскільки сам апарат є трубою, в якій повинен частково або повністю перебувати пацієнт.